Inicios
El 29 de noviembre de 1990 se crea el Club Deportivo Atlético Huila, luego de varios meses de conversaciones y gestión interna en el departamento del Huila para tener un equipo profesional. La idea contó con el apoyo de dirigentes como Jorge Correa Pastrana (Presidente de la Dimayor), Álvaro González Alzate (presidente de la Difútbol), Gerardo Gómez Álvarez (Presidente de la Liga de Fútbol del Huila) y el entonces gobernador Jorge Eduardo Gechem y el alcalde de Neiva Luis Alberto Díaz.
En el año 1991 se forma el primer equipo profesional para participar del torneo de la Primera B, con Víctor Quiñónez como técnico. En esa temporada el Huila fue cuarto en la tabla de posiciones. En el año de 1992 toma el mando técnico Alberto Rujana, quien tuvo una excelente campaña para llevar al Atlético Huila rumbo a la Primera A. Entre otros jugadores, se destacó Guillermo Berrío (QEPD), quien fue goleador de la temporada con 18 tantos. Igualmente, Alonso Alcíbar marcó 11 goles y Wilson Cano 9. En el año 1996 Huila fue último en la instaurada tabla de promedio para el descenso y cayó de nuevo a la Primera B. Bajo la orientación de Rafael Corrales se cumplió con la misión de ganar el segundo título del club 'Opita' y consiguió de nuevo regresar a la primera división en diciembre de 1997.
Subcampeonatos
Dirigidos por el estratega Néstor Otero, el equipo en 2007-I terminó octavo en la fase Todos contra Todos. En cuadrangulares ocupó el primer lugar y disputó la final del primer torneo del año. Atlético Huila consiguió su primer subcampeonato luego de caer ante Atlético Nacional.
El segundo subcampeonato se logró en el año 2009-II bajo la orientación de Guillermo 'El Teacher' Berrío, quien fuera el mayor goleador en la historia del equipo enfrentaba el reto de dirigir por primera vez, Huila se clasificó como tercero de la fase todos contra todos y en cuadrangulares logró el pase a la final, frente al Independiente Medellín. Pese a perder esta disputa y gracias a su tercer lugar en la tabla de reclasificación, el club clasificó a Copa Sudamericana en el 2010.
En dicho torneo internacional, Atlético Huila enfrenta en la primera fase a Trujillanos FC de Venezuela logrando una victoria 5-2 en el marcador global, sin embargo, en segunda fase cayó en la serie ante San José de Bolivia 5-1 y relegó sus opciones de clasificar a octavos de final.
En el año 2015 el equipo fue dirigido por José Fernando Santa, acompañado por jugadores con gran experiencia como David Ferreira, Juan Esteban Ortiz, Elvis González, Elvis Perlaza, entre otros. En esta temporada hizo su mejor campaña en el Todos contra Todos terminando líder con 41 puntos. Finalmente fue eliminado en cuartos de final por el Deportes Tolima tras caer 2-1 en condición de visita y 2-3 en el estadio de Armenia donde hacía las veces de local, tras la remodelación que se realizaba en el Guillermo Plazas Alcid.
Liga Femenina
Se creó el Atlético Huila femenino que participa en la primera Liga Profesional Femenina en el 2017. El estratega fue en sus inicios Carlos Villarreal, sin embargo, fue de la mano de Douglas Calderón quien luego asumió con DT que el equipo logró ser el primer subcampeón de la historia al enfrentarse en la final frente a Independiente Santa Fe.
En 2018 el equipo huilense dirigido por Virgilio Puerto con una destacada actuación logró clasificar a la gran final, su rival de turno Atlético Nacional, allí desde los 12 pasos se coronaron campeonas. Atlético Huila representó a Colombia en la Copa Libertadores Femenina 2018 y logró llegar a la final del mayor campeonato de clubes femeninos en Sudamérica organizado por Conmebol. Enfrentó a Santos y desde el punto penal se convirtió campeón. En el 2019 avanzó hasta cuartos de final en el mismo certamen.
Descenso y Ascenso equipo masculino
Atlético Huila pierde la categoría en el segundo semestre de 2019 e inicia su participación en el Torneo Betplay Dimayor en el 2020, el equipo logró una gran campaña y se instaló en la gran final donde venció contundentemente a Cortuluá y se coronó campeón de la primera edición. El segundo torneo se jugó en el primer semestre del 2021 a causa de la pandemia por covid19, el equipo, aunque clasificó a cuadrangulares no consiguió clasificar a la final, siendo Quindío el campeón. Dichos equipos campeones disputaron la gran final donde Huila consiguió la victoria con un marcador global de 3-1, logrando el objetivo principal del cuerpo técnico dirigido por Dayron Pérez, ascender nuevamente a la primera A del fútbol profesional colombiano.
En la actualidad Huila inicia su participación en la Liga Betplay Dimayor, donde espera ser protagonista y mantener la categoría.